高中生夏目纯一被父母寄养在远房叔叔家。这位叔叔表面是慵懒的漫画家，实则是前精英特工。为了自保，叔叔被迫对纯一开始“秘密授课”——内容包括伪装、追踪、反侦察。纯一在惊险刺激的“课程”中，发现叔叔正在调查一起涉及学校高层的危险事件，而自己早已被卷入其中。
叔叔为保护纯一决定独自赴约决战，临行前在他桌上留下一本空白的漫画分镜稿，扉页写着：“接下来，由你来画。”纯一拿起笔，第一次主动踏出了家门。
纯一用叔叔教的“微表情识别”，发现班主任收到神秘信封时瞳孔骤缩。他潜入办公室，发现信封里是自己被调包的体检报告，背后牵扯着人体实验阴谋。
纯一被不明人士跟踪，他按照叔叔教的“人流混淆术”在购物中心绕圈，最终利用服装店的假人模特制造替身，成功甩掉尾巴后瘫坐在快餐店发抖。
叔叔在家门口布下“非致命陷阱”——面粉炸弹和香蕉皮滑道。纯一早起踩中陷阱满头面粉，叔叔却叼着面包说：“恭喜你，触发了我的防御系统，今天考试合格。”
纯一在叔叔的草稿箱里发现了一本未完成的漫画，主角的脸被全部涂黑。叔叔抢过本子低声说：“他们都是我以前的队友，不在了。”那是纯一第一次看到叔叔流泪。
纯一因目睹邻家命案吓得躲进叔叔家，叔叔没有安慰，只是打开电视切到监控画面：“你看，刚才那人是故意让你看见的。从今天起，你跟我学怎么活命。”